L'objectif de ce Répertoire est de promouvoir l'usage rationnel des médicaments. Un usage rationnel implique que seuls les médicaments ayant fait l'objet d'études validées soient utilisés, et ce de façon appropriée (en fonction de leurs indications, contre-indications, posologie, interactions...) et en tenant compte de leur coût. Il faut mentionner à ce propos la notion de “pharmacothérapie basée sur les preuves”: il est important de savoir quelles sont les preuves concernant le rapport bénéfice/risque d’un médicament. Le Répertoire Commenté des Médicaments est une des sources d'information disponibles.